Yhdenvertaisuus sekä uskonnon ja omantunnon vapaus ihmis- ja perusoikeuksina koskevat myös uskonnottomia
Yhdenvertaisuusperiaatteen mukaan (PL 6 §) ketään ei saa ilman hyväksyttävää perustetta asettaa eri asemaan sukupuolen, iän, alkuperän, kielen, uskonnon, vakaumuksen, mielipiteen, terveydentilan, vammaisuuden tai muun henkilöön liittyvän syyn perusteella. Syrjintäkieltoon liittyy ns. positiivisen erityiskohtelun mahdollisuus, mutta hyväksyttävänä perusteena muita parempaan asemaan asettamiselle ei ihmisoikeusjuridiikassa pidetä esimerkiksi hegemonista enemmistöasemaa, vaan päinvastoin esimerkiksi heikommassa asemassa olevan vähemmistön tosiasiallisten ihmisoikeuksien kehittämistoimien tarvetta.
Uskonnottomat ovat olleet Suomessa toistaiseksi varhaiskasvatuksen, perusopetuksen sekä lukiokoulutuksen historiallisesti, jo ennen nykyisiä ihmis- ja perusoikeuksia muodostuneessa institutionaalisessa toimintakulttuurissa selvästi heikommassa asemassa olevana katsomuksellisena vähemmistönä. Heidän ihmisoikeuksiensa kehityksen ja nykytilan tarkasteluun on siten syytä kiinnittää erityistä huomiota.
Uskonnon ja omantunnon vapaus (PL 11 §) puolestaan koskee myös uskonnottomia ihmisiä ja sisältää ns. negatiivisen ulottuvuuden, oikeuden olla kuulumatta uskonnolliseen ja yhdyskuntaan sekä oikeuden olla osallistumatta omantuntonsa vastaisesti uskonnon harjoittamiseen. Euroopan ihmisoikeustuomioistuimen uskonnottomien oikeuksia tähdentävän päätöksen mukaan uskonnottomiksi katsotaan ”ateistit, agnostikot, skeptikot sekä uskontojen suhteen välinpitämättömät”.
Uskonnottomuuteen ei tarvita mitään erityistä, kiinteää vakaumusta, sillä kysymys voi olla enemmän identiteetistä tai vain uskonnollisen uskon puutteesta kuin mistään ideologisesta vakaumuksesta. Uskonnon harjoittamiseen osallistumattomuus ei edellytä mitään erityisiä ”omantunnon syitä”, joita esimerkiksi pitäisi tuoda esiin ja jopa perustella osallistumattomuuttaan. Vääränlaisella omantunnon ”syiden” korostamisella koulun tiedotustoiminnassa saatetaan käytännössä tosiasiallisesti rajoittaa vapautta olla osallistumatta uskonnon harjoitukseen ja jopa painostaa osallistumiseen, jos luodaan mielikuva että osallistumattomilla on joitain erityisiä, muista poikkeavia omantunnon kysymyksiä tunnollaan.